Effretikon wurde unter dem Namen Erpfratinchova erstmals im Jahr 745 n.Ch. schriftlich erwähnt. Im Gemeindegebiet gab es Funde aus der Steinzeit sowie aus der Bronze- und Eisenzeit. Im 8. Jahrhundert war Illnau-Effretikon durch die Alemannen weitgehend erschlossen, wie dies Schenkungsurkunden an das Kloster St. Gallen bezeugen. Grundbesitz und Kirchen waren im Mittelalter verschiedenen Klöstern zugehörig (u.a. Kloster Einsiedeln). Bis 1832 war Schaffhausen der Haupt-Zehntenbezüger. Die Kyburger und danach die Habsburger besassen im 13. und 14. Jahrhundert die Vogteirechte und bewohnten in dieser Zeit auch die Moosburg in Effretikon, deren Ruine bis heute erhalten ist.
Ackerbau und ländliches Handwerk prägten die Geschichte der Gemeinde; mit Spinnereien an der Kempt zu Beginn des 19. Jahrhunderts entwickelte sie sich auch zum Gewerbedorf. Im 20. Jahrhundert hatte dann der Ortsteil Effretikon einen rasanten Aufschwung zu verzeichnen – wohl auch dank der verkehrsgünstigen Lage. Mit dem Bau der markanten reformierten Kirche auf dem zentralsten Hügel der Stadt im Jahr 1960 sowie der katholischen Kirche St. Martin im Jahr 1982 wurden weitere äussere Zeichen des Wachstums von Effretikon gesetzt. 1995 wurde das neue und für die ganze Gemeinde zentrale Stadthaus in Effretikon eröffnet.
Zur spannenden Geschichte von Effretikon und der Gemeinde existieren Chroniken mit allen nachweislichen Einzelheiten in den fast 13 Jahrhunderten seiner Entwicklung.